Основной упор в лечении заболеваний санаторий «Им. Пржевальского» ставит на заболевания желудочно-кишечного тракта и периферической нервной системы. Вместе с этим проводится лечение болезней, связанных с опорно-двигательным аппаратом, органами дыхания, бесплодием и сердечно-сосудистой системой. Лечебная база на этом не ограничивается и включает помощь в борьбе с воспалительными заболеваниями предстательной железы у мужчин и гинекологическими проблемами у женщин.

Программа лечения в санатории Пржевальского, помогает справиться с заболеваниями, связанными с различными профессиями: профессиональный бронхит и бронхиальная астма, пневмокониозы, вибрационная болезнь. В 2006 году санаторий открыл реабилитационное отделение для больных пост-холецистэктомией и резекцией желудка.